Для визуализации данных Octave и Maxima пакет используют программу Gnuplot, которую можно рассматривать, как самостоятельное приложение. Gnuplot работает в консольном режиме, графическое окно появляется только при выводе графика. Это мощная программа для построения графиков, позволяющая строить двух и трехмерных графики любой сложности, полное англоязычное описание встроенного языка Gnuplot представлено на странице http://gnuplot.sourceforge.net/docs/gnuplot.html, автору сайта показалась интересной следующая русскоязычная статья о Gnuplot. Советую посмотреть статью Gnuplot в Википедии.

Для построения графиков и обработки данных, кроме gnuplot существует большое количество свободных программ: Extrema, RLPlot, Fityk, Gretl, MayaVi , Zhu3D, OpenDX, Veusz. Обзоры свободных программ предсталены здесь, здесь и здесь.

Однако, на взгляд автора наиболее удачной программой для построения двух и трехмерных графиков, а также для анализа данных является кроссплатформенный пакет научной графики Scidavis. Его возможности можно сравнить с хорошо известной проприетарной программой Origin. К преимуществам этой программы следует отнести: простой интуитивно понятный интерфейс, возможность построения графиков различного типа, большие возможности по обработки экспериментальных данных. Не смотря на небольшой размер (дистрибутив программы занимает око 10 Мб), эта программа способна решать реальные задачи по обработке экспериментальных данных и способна стать реальным конкурентом Origin.

Для проведения несложных аналитических расчетов можно рекомендовать небольшую консольную программу Yacas, её краткое русскоязычное описание представлено здесь.

Для решения дифференциальных уравнений в частных производных методом конечных элементов и визуализации решения есть свободно распространяемые пакеты Freefem и Freefem3d, которые по своим возможностям не уступают модулю решения уравнений математической физики из пакета Matlab.

Для построения реалистических 3D-моделей существует мощный свободно распространяемый пакет Blender, можно зайти на сайт, посвященный Blender, рекомендуем страницу Blender в Википедии.